Представитель государственного обвинения на процессе по второму делу Михаила Ходорковского и Платона Лебедева. Именно он читал весь текст обвинительного заключения и оглашал большую часть документов по делу.

Лахтина и Дмитрия Шохина, другого государственного обвинителя, участвовавшего в процессе, считают людьми из команды бывшего генпрокурора Владимира Устинова.

В самом начале судебного процесса адвокаты Ходорковского и Лебедева заявляли отвод Лахтину и Шохину, поскольку прокуроры ранее участвовали в других процессах, связанных с компанией ЮКОС, имеют личную заинтересованность в исходе дела и не могут быть объективными. Шохин представлял обвинение на процессе по первому делу предпринимателей, а Лахтин поддерживал прокуратуру при их аресте и продлении им срока ареста. Шохин также выступал в процессе по делу бывшего замглавы «ЮКОС-Москва» Василия Шахновского, а Лахтин — в процессах по делу сотрудника службы безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина и вице-президента ЮКОСа Василия Алексаняна. Кроме того, он поддерживал прокуратуру при объявлении одного из крупнейших акционеров ЮКОСа Леонида Невзлина в международный розыск, при аресте счетов Ходорковского, Лебедева, Невзлина, Михаила Брудно и других представителей ЮКОСа в швейцарских банках UBS AG, CBG Compagnie Bansaire Geneve, Dresdner Bank и Banque Ingosuez, при аресте счетов патронировавшейся Ходорковским общественной межрегиональной организации «Открытая Россия» и при обыске в офисе «ЮКОС-Москва». Суд отказал защите в удовлетворении ходатайства.

Впоследствии адвокаты Ходорковского и Лебедева неоднократно заявляли отвод прокурорам, в том числе Валерию Лахтину, но суд отказывал.

Лахтин был включен защитой в список свидетелей по второму делу, однако, как рассказал на суде Ходорковский, в связи с неправомерными действиями прокурора этот вариант списка не был включен в материалы дела.

Прокурор обвинял подсудимых и защитников в попытке дискредитировать обвинения в глазах общественности. Действия обвиняемых, по мнению Лахтина, подрывали основы и устои российского государства. По его мнению, «всякий, кто так не считает, подрывает устои государства тоже». Ходорковский и Лебедев, по словам прокурора, дискредитировали бизнес-сообщество перед зарубежными инвесторами, оказывали незаконное давление на суд, на свидетелей, на СМИ, все искажая. Обращения адвокатов в Европейский суд по правам человека Лахтин тоже расценил как подрывы устоев российского государства.

Ходорковский и Лебедев обвиняли прокурора в фальсификации доказательств. В частности, Лахтин, по словам Лебедева, привел три ложные даты регистрации люксембургской компании Yukos Capital S.A.R.L. Ходорковский указал, что предоставленная Лахтиным информация о том, что адвокаты якобы «передавали указания своих подзащитных по реализации планов совершения преступлений», не соответствует действительности.

В ходе процесса по второму делу адвокаты неоднократно указывали, что Лахтин оглашает документ не полностью, что он представляет копии вместо оригиналов. Адвокаты и подсудимые обращали внимание судьи Виктора Данилкина на то, что Лахтин задает свидетелям вопросы, не относящиеся к делу, а также спрашивает не о фактах, а о том, что им, свидетелям, представляется, пытается навести свидетелей на нужный ответ, спорит со свидетелями, сам снимает собственные вопросы без предупреждения. В ходе допросов свидетелей Лахтин упоминал о документах, которые не оглашались во время знакомства с материалами обвинениям, и пытался их огласить, не испрашивая разрешения суда.

Скандал возник в связи с заявлениями в суде бывшего финансового директора ЮКОСа Алексея Голубовича. В первый день допроса он опроверг позицию следствия о неэквивалентности акций дочерних компаний ВНК и акций ЮКОСа и незаконности сделки по их обмену. По его словам, вопрос о неравноценности обмена «возник почему-то только у следствия». Однако следующий день допроса Голубовича начался с того, что свидетель фактически отказался от своих слов, и Лахтин попросил его ответить на те же вопросы, что и в первый день, но с учетом этого заявления. Подсудимые и адвокаты расценили это происшествие как результат давления на свидетеля.

Перед допросом бывшего сотрудника ЮКОСа, подданного Великобритании Стива Уилсона, Лахтин устроил допрос его переводчику и потребовал его отвода, утверждая, что тот заинтересован в исходе процесса. Однако судья отклонил отвод.

Во время процессов как по первому, так и по второму делу Ходорковского и Лебедева Лахтин неоднократно ходатайствовал о продлении подсудимым срока содержания под стражей. Он объяснял, что, находясь на свободе, обвиняемые могут повлиять на ход процесса. Защита отмечала, что обвинение не представляет документов, бесспорно подтверждающих, что обвиняемый может скрыться от правосудия или опасен для общества. Кроме того, адвокаты указывали, что обвинение требует продлить срок содержания под стражей на основании того, что продлен срок следствия, хотя, на самом деле, срок следствия продлен не был. Однако суд всякий раз удовлетворял ходатайства обвинения.

Лахтин постоянно обвинял Ходорковского, Лебедева и адвокатов в затягивании процесса — в частности, в том, что они долго знакомятся с материалами дела. При этом обвиняемые и защита указывали, что им не предоставляли возможности ознакомиться с материалами в полном объеме, а кроме того, у обвинения нет доказательств, что они умышленно затягивали ознакомление с делом.

По одной, Ходорковский вызвал крайнее раздражение Владимира Путина, когда на встрече президента с представителями РСПП в феврале 2003-го заявил, что на коррупцию в России в 2002 году было истрачено 30 миллиардов долларов, приведя в качестве примера не слишком «чистую» покупку «Роснефтью» компании «Северная нефть». По другой, Путин заподозрил, что Ходорковский, который открыто финансировал несколько партий, а также занимался культурно-просветительской деятельностью, замышляет захват власти. Наконец, Кремль мог испытывать недовольство запланированной сделкой по обмену акций между слившимися ЮКОСом и «Сибнефтью» и американской нефтяной компанией «Шеврон-Тексако», в результате чего ЮКОС превращался бы в международную компанию и ушел из-под контроля Кремля.

Платон Лебедев был арестован в июле 2003 года, а Михаил Ходорковский — в октябре. Спустя два года они были осуждены на  девять лет лишения свободы каждый (впоследствии срок был сокращен до восьми лет). Бизнесменов объявили виновными по шести статьям УК, в том числе в мошенничестве, хищении денежных средств у государства, хищении ценного сырья апатитового концентрата в крупных размерах, нескольких неисполнениях решений арбитражных судов, уклонении от уплаты налогов.

Как раз в ходе первого процесса прокуратура опробовала все те методы, которые широко применяла и в ходе второго. Прежде всего, это объявление обычных законных финансовых операций преступными. Таким образом, любая успешная сделка, приносившая прибыль, автоматически преподносилась как криминальная. Тяжесть такого «преступления» лишь усиливалась, если в сделках участвовало государство. Вместо доказательств обвинение приводило ничего не объясняющие детали сделок. Расчет был на то, что, запутавшись в информации, публика перестанет следить за процессом. Прокуроры совершенно не заботились о том, чтобы им поверил суд. Они знали, что судья проштампует любой приговор. И в самом деле, приговор почти дословно повторял обвинительное заключение. При этом сама компания ЮКОС была обанкрочена и куплена за бесценок некоей «Байкалфинансгруп», созданной специально для того, чтобы перевести активы крупнейшей компании России в государственную «Роснефть».  Желая хоть как-то обосновать необходимость осуждения Ходорковского и Лебедева, власти запустили в подконтрольные СМИ версии о том, что преступная деятельность руководителей ЮКОСа варьировалась от организации убийств неугодных людей до финансирования чеченских боевиков. Впоследствии тезис о том, что у Ходорковского и Лебедева «кровь на руках» использовал в своих выступлениях Владимир Путин.

Как ни жесток был первый приговор, его оказалось недостаточно. Срок заключения Ходорковского заканчивался в середине 2011 года, за несколько месяцев до парламентских и президентских выборов. И это вновь показалось опасным.

5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены обвинения по двум статьям Уголовного кодекса РФ: статье 160 — хищение путем присвоения, и статье 174 — легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества. Ходорковскому и Лебедеву вменялось хищение акций дочерних организаций ОАО «Восточная нефтяная компания». Кроме того, по версии следствия, в 1998-2004 годах Ходорковский и Лебедев участвовали в хищении нефти у ОАО «Самаранефтегаз», ОАО «Юганскнефтегаз» и ОАО «Томскнефть». Нефть этих предприятий они якобы сначала покупали по себестоимости, а затем через подконтрольные фирмы продавали по цене, завышенной примерно в 3-4 раза. В июле 2008 года СКП РФ предъявило Ходорковскому и Лебедеву обвинение в «хищении путем присвоения» почти 350 миллионов тонн нефти и «легализации денежных средств в особо крупном размере» (отмывание 487 миллиардов рублей и 7,5 миллиарда долларов).

Процесс по делу начался 31 марта 2009 года. Во время слушаний Ходорковский и Лебедев неоднократно заявляли, что не понимают сути предъявленных им обвинений. Защита Ходорковского и Лебедева определила обвинение как «набор ... бездоказательных утверждений о якобы совершенном хищении и легализации всей нефти, добытой за 6 лет деятельности НК ЮКОС». По словам Ходорковского, то, что обвинение назвало «легализацией», является «отдельными примерами большого количества обычных сделок размещения (временного) средств вертикально интегрированной нефтяной компании "ЮКОС" казначейством компании на российском и международном финансовом рынке».

В ходе процесса обвинение придерживалось старой тактики: в суд было представлено гигантское количество документов, но при этом никак не объяснялось, что эти документы доказывают. В то же время свидетели защиты, среди которых были глава Сбербанка Герман Греф и министр промышленности и торговли Виктор Христенко, фактически подтвердили: ни присвоения денежных средств, ни их отмывания в действиях ЮКОСа не было и они соответствовали закону. Бывший премьер-министр Михаил Касьянов выступил в суде в защиту бывшего владельца ЮКОСа, заявив, что деятельность этой и других нефтяных компаний тщательно контролировалась правительством и потому обвиняемые похитить нефть не могли.

В октябре 2010 года стало известно, что прокуратура снизила претензии к Ходорковскому и Лебедеву: к этому времени они уже обвинялись в хищении не 350, а 218 миллионов тонн нефти. Обвинение заявило также о намерении смягчить требуемое наказание, однако продолжало настаивать на доказанности вины бывших руководителей и потребовало для них по 14 лет заключения.

Суть происходившего в Хамовническом суде предельно точно выразил в своем последнем слове Михаил Ходорковский: «Я знаю, есть люди, я называл их в процессе, которые хотят оставить нас в тюрьме. Оставить навсегда! В общем, они это особо не скрывают, публично напоминая о существовании «вечного» дела ЮКОСа.

Почему не скрывают? Потому что хотят показать: они — выше закона, они всегда добьются того, «что задумали». Пока, правда, они добились обратного: из нас — обычных людей — они сделали символ борьбы с произволом. Это получилось. Это не наша заслуга — их».

Защита бывшего главы службы безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина неоднократно заявляла ходатайство об отводе Лахтина, поскольку он, по мнению адвокатов, нарушал права их подзащитного. Суд отклонил ходатайство.

Помимо дел, связанных с ЮКОСом, Валерий Лахтин представлял прокуратуру в процессе по делу бывшего министра атомной энергетики Евгения Адамова, обвиняемого в мошенничестве в крупных размерах и злоупотреблении должностными полномочиями. Адвокат Генри Резник заявлял, что требование Лахтина о продлении предельного срока содержания Адамова под стражей было основано на обстоятельствах, не предусмотренных законом, а кроме того, прокурор представил справку из службы экономической безопасности ФСБ, содержащую ложные сведения о деятельности экс-министра.

Лахтин также представлял Генпрокуратуру в качестве ответчика на слушаниях по иску полковника ВДВ Павла Поповских, до того обвинявшегося в убийстве журналиста Дмитрия Холодова. Поповских, помимо денежной компенсации, требовал официальных извинений от помощника генпрокурора Ирины Алешиной, которая ранее выступала в СМИ с обвинениями в его адрес. Лахтин пытался доказать, что Поповских не может считаться реабилитированным, поскольку ранее привлекался к уголовной ответственности по другой статье, но уголовное дело было прекращено в связи с истечением срока давности. Однако судья Московского окружного военного суда Евгений Зубов возразил, что право на реабилитацию подтверждено Верховным судом. Лахтин также утверждал, что извинения за незаконное уголовное преследование приносит не помощник генпрокурора, а прокурор. Но суд обязал Алешину принести официальные извинения. Позднее, впрочем, военная коллегия Верховного суда отменила постановление МОВС.

15 февраля 2007 года генеральный директор предприятия «Нижневартовскнефтегаз» Виктор Палий обратился с заявлением к новому прокурору Тюменской области Владимиру Владимирову, где указал, что Валерий Лахтин и его коллега Альберт Богданович на протяжении нескольких лет незаконно возбуждают уголовные дела, фальсифицируют доказательства, подделывают подписи на документах, совершают подлоги в законодательных актах. Он потребовал возбудить в отношении Лахтина и Богдановича уголовное дело. В 2003 году Лахтин участвовал в процессе по делу Виктора Палия о хищении 9 млн долларов, где заявлял, что доказательств для предъявления Палию обвинения «более чем достаточно». Адвокат Палия Михаил Бурмистров говорил, что не увидел в бумагах, переданных Лахтиным суду, ни одного доказательства вины его подзащитного.